甬台温高速公路大溪岭—湖雾岭隧道管理所，于1998年12月成立，由台州市、温州市两地高速公路业主单位联合设立。隧道管理所统一管理全隧道洞内外的设施，负责对隧道各种设备设施的定期检查和维护，保障隧道内行车的安全畅通舒适，并负责做好监控工作，及时发现、报告并快速恰当地处理所辖范围内各类事故和隐患，并协助相关部门做好各类事件的处理。根据高速公路特长隧道技术密集和连续运转的特点，同时设立大溪岭隧道营运领导小组，由两地市高速公路主管单位同交警、路政负责人及管理所负责人共同参与，对于营运管理中出现涉及不同部门工作领域的事件，由隧道所协调解决，以形成集中统一的营运管理。

隧道管理所现有员工36人，管理人员采用矩阵制组织机构，三班两运转管理模式。其特点是：在隧道所纵向职能系统基础上，增加了一种横向职能系统的联系和管理，即把按日常行政职能划分的三个执勤队和按专业范围划分的专业班（中控班、机电班、安保班）结合起来， 每个队员同时受执勤队和专业班两方面的管理，容易沟通信息、强化协调、提高效率。